韭菜虫害主要包括韭菜迟眼蕈蚊（韭蛆）、蓟马、蚜虫、葱须鳞蛾和潜叶蝇等。病害主要有灰霉病、疫病和菌核病等。韭菜迟眼蕈蚊在春秋两季危害严重，幼虫会危害叶鞘、幼茎及芽，咬断茎后蛀向根茎下部，导致叶片枯黄，严重时鱗茎腐烂，整墩死亡。蝼蛄是杂食性害虫，成虫和若虫在土中咬食播种的各种蔬菜种子及幼芽，咬断幼苗根茎，夜间活动时在地面造成隆起隧道，使幼苗失水干枯死亡，造成缺苗断垄。蛴螬也是杂食性害虫，幼虫长期蛰居土中，咬断幼苗根茎，使植株枯黄而死，韭菜也深受其害。
