以农业防治措施为主。发病初期，可以使用戊唑醇、腐霉利、百菌清等药剂防治。甲基托布津液加洗衣粉800倍，多菌灵加洗衣粉。可进行药剂防治：4月下旬-7月适时用药防治，病害发生前可选用53.8%可杀得2000型1000倍液。发病初期可选用10%苯醚甲环唑1500倍液，或40%氟硅唑8000倍液，也可采用小苏打600倍液防治，在个别叶片有1-2个病斑时开始喷雾，每3-4天喷1次，连续喷4-6次。小苏打既能防病害，又能促进生长，且使南瓜产量提高10-20%。喷雾时尽量使用小孔径喷片，以降低叶片表面湿度。
防治南瓜白粉病，首先要选种抗病品种、做好种子消毒处理、培育无病壮苗，其次要合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，第三要加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，第四要在初发病时用甲基托布津、甲基硫菌灵、戊唑醇、银发利、腈菌唑等农药田间交替喷雾防治。
选用优良抗病品种、合理轮作、种子处理、苗床消毒、适时播种、培育壮苗、适时移栽、合理密植、加强肥水管理、发病初期及时用药防治等。选择抗病的品种，加强肥水管理，发病初期喷雾粉锈宁进行防治。南瓜白粉病用15%粉锈宁800倍液或43%戊唑醇2000倍液喷雾效果好。主要是湿度大造成，应该控制好水肥湿度通风透气日照等，及时喷施药液进行防治，其次应该选用优质抗病虫害的品种。选择抗病优良品种，并在播种前晒种1-2天。使用新高脂膜进行拌种播种，隔离地下病菌侵染。