菠菜主要病虫害有霜霉病、软腐病、褐斑病、白粉病、红蜘蛛、蚜虫、斑潜蝇、蓟马等。此外,还包括根病病、疫病、猝倒病、黄斑病、菌核病、白斑病、炭疽病、菜青虫、小菜蛾、夜蛾类害虫、灰霉病、枯萎病、病毒病、污霉病、矮花叶病、根结线虫病等。防治这些病虫害,可结合农业防治和药剂防治进行。