大豆菌核病以菌核在土壤中、病残体内或混杂在种子中越冬，成为翌年初侵染源。越冬菌核在适宜条件下萌发，产生子囊盘，弹射出子囊孢子，子囊孢子借气流传播蔓延，进行初侵染。病原菌通过伤口或角质层侵入，衰老叶片、凋萎的花及纤弱的茎最易受侵染。再侵染则通过菌丝接触健康植株传播蔓延。条件适宜时，特别是大气和田间湿度高，菌丝迅速增殖，2～3天后健株即发病。
