1.芹菜叶斑病在夏、秋季节发病较重，高温多雨或高温干旱但夜间结露重、持续时间长的情况下易发病。大水漫灌、田间积水、排水不良的地块也易发病。棚室栽培若初期出现高温多湿小气候，同样易发病。缺水缺肥、通风不良、植株长势弱时，发病更重。
2.进行倒茬轮作，增施充分腐熟的有机肥。芹菜需要经过2~3年的轮作，可减轻病害的发生。可与禾本科、豆科农作物轮作栽培，但与茄子、西红柿、辣椒、瓜果类蔬菜及十字花科植物轮作栽培效果不佳。
3.合理选择抗病能力较强的品种，采用放置三年以上的陈种子。育苗季节要搭遮阴棚，因为芹菜苗喜欢阴凉潮湿的天气，芹菜苗弱，同时需要做好排水工作，暴雨过后田间不能有积水。
4.田间管理方面，棚内温度夜间控制在10~15度，白天控制在15~20度。对芹菜浇水不要大水漫灌，进行合理的排潮通风，控制棚内湿度，温度不可过高，以提高芹菜的综合抗病能力。出现病株后，除了要及时喷洒农药外，将受病的芹菜整个挖出，带出棚外进行无害化处理。
5.药剂防治方面，芹菜叶斑病属于真菌病害，应提前预防，预防的效果往往好于治疗的效果。可选用64%杀毒矾600倍液+芸苔素内酯，70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液+吡唑嘧菌酯。发病初期可采用600倍液75%百菌清可湿性粉剂。