南瓜霜霉病的防治方法主要有高温闷棚、加强栽培管理、选用抗病品种。还可以进行药剂喷雾防治，隔10天左右1次，视病情防治1次或2次。棚室栽培的采果前7天停止用药。在霜霉病发病前喷药防治，药剂可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、或64%杀毒矾可湿性粉剂400～500倍液、或72%克露可湿性粉剂800倍液、或72%锰锌·霜脲可湿性粉剂500倍液，施药次数为3次。
1.种子处理。选用抗病品种。将种子用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种30分钟，再用清水冲洗干净。
2.加强管理。种植南瓜要施入充足的基肥，提高磷钾肥的比例，增强植株的抗病性，在南瓜生长前期要适当控制好浇水次数。在日出后，温度要控制在25度左右，适当通风，保持湿度在65%左右，控制好温湿度，避免高温高湿为霜霉病营造发病环境。
3.喷粉。喷粉防治可在温室或大棚内，用5%百菌清粉尘剂，每1000平方米用药1-1.5千克。喷粉应在早晨或傍晚进行，喷前将放风口关闭，喷后1小时可以放风，隔7-10天再喷1次。
4.药剂防治。在霜霉病发病前喷药防治，药剂可用75%百菌清可湿性粉剂600倍液、或64%杀毒矾可湿性粉剂400～500倍液、或72%克露可湿性粉剂800倍液、或72%锰锌·霜脲可湿性粉剂500倍液，施药次数为3次。
首先，在发病初期喷洒70%乙磷·锰锌500倍液，或72.2%普力克水剂800倍液，或50%福美双可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂700倍液，或25%甲霜灵可湿性粉剂600倍液，或50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂，或50%敌菌灵可湿性粉剂500倍液，或72%霜克可湿性粉剂600倍液，或50%退菌特可湿性粉剂500倍液，或72%克露可湿性粉剂750倍液等药剂。
首先要选择一个地势高、干燥且通透性、排灌能力好的地方进行深沟高畦栽培。然后要施入充足的基肥，提高磷钾肥的比例，增强植株的抗病性。在南瓜生长前期的时候则要适当控制好浇水次数。适当通风，保持湿度在65%左右，控制好温湿度，避免高温高湿为霜霉病营造发病环境。