佛手瓜的育苗方式独特，采用整瓜播种而非种子育苗。每年10月末采收后，需挑选果型中大、外形整齐、无伤无残的种瓜进行保存。种瓜应存放在5℃~7℃的室内，可用箩筐装沙储藏，一层沙一层瓜，不留空隙，箩筐顶端覆盖10cm~15cm的沙。在温带地区，佛手瓜只能作一年生栽培，须整瓜播种育苗。南方地区，佛手瓜入窖贮藏，翌年清明前后自然出苗，选择苗好的种瓜直接播种。北方地区，为培育大壮苗，提高幼苗的抗性，需及早适时进行室内催芽。催芽时间于翌年1月下旬将种瓜取出，用塑料袋逐个包好，移到暖室或热炕上催芽，温度保持在15～20℃。催芽温度不宜过高，温度过高出芽快，但芽细不健壮。适当降低催芽温度，芽粗短健壮。