大豆种子是最常见的发病因素，当种子中携带有病菌时，播种后从出苗即有可能开始危害。此外，种子还可以成为跨区域传染的途径，当一个没有发生菌核病的种植区域种植了含有菌核病病菌的大豆种子后，当地也开始出现菌核病，进而大面积爆发。为预防病害，应选用耐病品种，如株型紧凑、尖叶或叶片上举、通风透光性能好的品种，并从无病留种田留种或清除混杂于种子间的菌核。
