棉花枯萎病的主要初侵染源包括带菌的棉籽、棉籽壳、棉籽饼、病残体以及病田土壤。这些场所中的病菌以菌丝体、分生孢子和厚壁孢子的形式越冬。次年，当环境条件适宜时，这些病菌开始萌发，通过棉株根部的伤口或直接通过根表皮及根毛侵入棉株。一旦侵入，病菌便在寄主的维管束组织内繁殖并扩展，最终蔓延至枝叶、铃柄和种子等部位。
