萝卜在苗期至采种期都可能发生病害，主要从植株下部向上扩展。霜霉病是萝卜常见的病害之一，初期叶片产生水浸状、不规则的褪绿斑点，后扩大成多角形或不规则形的黄褐色病斑。湿度大时，叶背面病斑上长出自色霉层，严重时病斑连片，叶片变黄、干枯。防治霜霉病可使用72%霜脲锰锌可湿性粉剂600-800倍液，或69%安克锰锌可湿性粉剂1000倍液，或72.2%普力克600-1000倍液进行叶面喷施。
黑腐病是由黑腐菌引起的病害，主要症状是根部中心变黑以及肉质根的维管束变黑腐烂，后形成空洞。高温多雨、灌水过量、排水不良、肥料末腐熟、连作及人为伤口或虫伤多利于发病。防治黑腐病可在发病初期喷洒41%的好力克悬浮剂5000倍液、72%农用链霉素3000-4000倍液或50%DT可湿性粉剂500倍液，7-10天一次，连续防治2―3次。
病毒病表现为植株明显矮化，叶片叶色黄绿相间或发生畸形。蚜虫是病毒病的重要传播媒介。