牛瘟病毒对上皮细胞和淋巴细胞有亲和性，所有淋巴器官损害严重，特别是肠系膜和与肠有关的淋巴组织。典型病例尸体外观呈脱水、消瘦、污秽和恶臭。剖检可见消化道黏膜严重炎症并坏死，口腔、第四胃、肠道、上呼吸道黏膜坏死、糜烂，或充血、出血。小肠黏膜潮红、水肿，有出血点；淋巴结肿胀、坏死。大肠呈程度不同的出血或烂斑，覆盖灰黄色假膜，形成特征性的斑马条纹。胆囊增大1～2倍，充满大量绿色稀薄胆汁，黏膜有出血点。淋巴结水肿肿胀。
剖检可见消化道黏膜严重炎症并坏死，口腔、第四胃、肠道、上呼吸道黏膜坏死、糜烂，或充血、出血。小肠黏膜潮红、水肿，有出血点；淋巴结肿胀、坏死。大肠呈程度不同的出血或烂斑，覆盖灰黄色假膜，形成特征性的斑马条纹。胆囊增大1～2倍，充满大量绿色稀薄胆汁，黏膜有出血点。淋巴结水肿肿胀。
主要损害消化道。口腔黏膜有红斑、结节、溃疡外，剖检时咽与食道可见到同样的损害。瘤胃和办胃黏膜上也有出血和烂斑。