诊断牛肠胃炎需要根据临床症状、病理变化、流行病学调查进行初步诊断，还要对牛的血、粪、尿等进行化验，结合疾病本身做好单纯性肠胃炎、传染病、寄生虫病等继发性胃肠炎的鉴别和诊断。如果出现口臭、食欲废绝主要病因在胃部，如果黄染腹痛明显，在初期便秘主要病变在小肠，如果出现脱水迅速腹泻主要病变在大肠。
牛胃肠炎的治疗首要查明病因，治疗时要以清理肠道、保护胃肠粘膜为主，可以抑制胃肠道内容物发酵，从根本上维护心脏机能、解除中毒，同时还要预防牛出现脱水、增强病牛的抗病能力。治疗牛胃肠炎时可以给牛灌服一定量的植物油、人工盐、酒精等，服用几个小时之后可以将有毒物质和毒素排出体外。在蓄粪臭味不大并基本排出时，可内服0.1％高锰酸钾2000～3000mL，每日1～2次。