圈舍除保持干燥、通风、冬暖、夏凉以外，平时还应做好消毒。一般分两个步骤进行：第一步先进行机械清扫；第二步用消毒液。圈舍及运动场应每周消毒一次。
1.生石灰：适用刷棚圈墙壁、桩柱及地面的铺洒消毒等。石灰水的配制方法：1公斤生石灰加4～9公斤水。先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水要现配现用，放置时间过长会失效。2.烧碱：2％烧碱溶液可用于消毒棚圈、场地、用具和车辆等。3％～5％的烧碱溶液，可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈时，将家畜赶(牵)出栏圈，经半天时间，将消毒过的饲槽、水槽、水泥地或木板地用水冲洗后，再让家畜进圈。3.过氧乙酸：2％～5％的过氧乙酸溶液，可喷雾消毒棚圈、场地、墙壁、用具、车船、粪便等。4.复合酚：复合酚100～300倍液适用于消毒畜舍、场地、污物等。5.季铵盐类：用3000倍稀释液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、环境、机械、器具、种蛋等。季铵盐类2000倍液可用于紧急预防畜禽舍的消毒。季铵盐类10000～20000倍稀释液可预防储水塔、饮水器被污物堵塞，可以杀死微生物、除藻、除臭、改善水质。