秋天天气逐渐转凉，但是温差较大，晚秋时天气比较寒冷，容易导致各种疾病的发生，也是容易引起呼吸道问题的季节。对于牛的呼吸道疾病，通常在秋季容易发生。
秋季同样是牛疫病高发的季节，牛口蹄疫、牛传染性胸膜肺炎、牛巴氏杆菌病等发病率均比较高，因此必须做好牛的疫病预防工作。正常饲喂的牛群，可于9月中旬注射牛口蹄疫疫苗，10月上旬注射牛传染性胸膜肺炎疫苗，10月下旬注射牛巴氏杆菌疫苗，不过需要注意疫苗与驱虫之间应间隔10天以上，以免应激叠加影响防疫和驱虫效果，以及影响牛的正常采食与生长。牛口蹄疫疫苗应选择多价苗，因为牛口蹄疫流行毒株多，且不同毒株之间难以形成交叉免疫。新引进牛群可根据引种地及当地疫病流行情况，在买回后紧急注射相应的高免血清进行预防，因为直接注射疫苗的话很可能导致一些带病未发病的牛加快发病，买回后10~15天没有任何问题的情况下再加强牛口蹄疫、牛传染性胸膜炎及牛巴氏杆菌病等疫苗。另外新引进牛群需要隔离饲养20~30天，且在驱虫、防疫都完全后再并入原有牛群，以免给原有牛群带进疫病。