在本病常发地区，根据流行病学、症状及病理剖检，可作出初步诊断。必要时确定病原，病羔刚死后，采用回肠内容物、肠系膜淋巴结、心血等，进行病原体和毒素检查。应注意与沙门菌、大肠杆菌和肠球菌引起的羔羊痢疾的区别。可以通过观察羔羊的临床症状、病理剖检等对羔羊痢疾进行初步诊断，也可通过实验室检查对该病确诊，可采集未死亡病羊的粪便或已死亡病羊的脾脏、肝脏等病料进行染色镜检，如果通过镜检发现粪便大量带有荚膜的革兰氏阳性的魏氏梭菌，则可确诊为羔羊痢疾。
