根据病牛流涎、采食困难、食欲下降，结合口腔出现的特殊症状进行诊断。要注意与流行性热性传染病相区别，根据本病流行有明显的季节性和典型的水疱病变，以及流涎的特征症状，一般可做出初步诊断。必要时应进行实验室检验，采取水抱液和水疮皮做进一步确诊。
区别牛水疮性口炎和口蹄疫引起牙痕肿胀的鉴别诊断很重要，平时要按照免疫程序做好防疫工作，特别是在春、秋季要做好口蹄疫疫苗接种，同时在饲料中添加清瘟败毒散。
