成鸡与雏鸡分开喂养，以免带虫的成年鸡散播病原导致雏鸡爆发球虫病。保持鸡舍干燥、通风和鸡场卫生，定期清除粪便，堆放;发酵以杀灭卵囊。保持饲料、饮水清洁，笼具、料槽、水槽定期消毒，一般每周一次。
每千克日粮中添加0.25～0.5mg硒可增强鸡对球虫的抵抗力。补充足够的维生素K和给予3～7倍推荐量的维生素A可加速鸡患球虫病后的康复。
免疫预防应用鸡胚传代致弱的虫株或早熟选育的致弱虫株给鸡免疫接种,可使鸡对球虫病产生较好的预防效果。亦有人利用强毒株球虫采用少量多次感染的涓滴免疫法给鸡接种，可使鸡获得坚强的免疫力。
病愈的雏鸡生长受阻，增重缓慢；成年鸡一般不发病，但为带虫者，增重和产蛋能力降低，是传播球虫病的重要病源。夏季天气炎热，饲养密度适当，及时清粪，定期消毒等可有效切断球虫体外生活链，防止本病爆发。