耐过传染性法氏囊病的鸡免疫系统会发生显著变化，从而增强对病毒的抵抗能力。研究发现，这些鸡的淋巴细胞和巨噬细胞活性显著增强，能更有效地杀灭病毒。同时，免疫细胞的免疫调节能力也得到提升，能够更好地平衡免疫反应，避免过度炎症。
此外，耐病鸡的免疫系统会产生大量抗体，主要是通过增加抗体产生细胞的数量和活性来实现。这使得它们在面对病毒侵袭时能更快速地产生足够的抗体。同时，细胞记忆也得到加强，使得再次感染时能够更快速地产生针对该病原体的免疫应答，减少病情的发展和传播。
