引起犊牛腹泻的原因是多方面的，故对本病的治疗，应采取包括改善卫生条件、食饵疗法、药物疗法、补液疗法等措施的综合疗法。维护心脏血管机能，改善物质代谢，抑菌消炎，防止酸中毒，制止胃肠道的发酵过程是治疗犊牛腹泻的原则。
细菌性腹泻选用广谱抗生素做首选治疗药物：速诺、喹诺酮类、庆大霉素、磺胺类药物等，配合使用维生素B1、维生素C、解热镇痛药(安乃近、安痛定)以及皮质类固醇等。腹泻脱水的可根据脱水情况，补充电解质溶液：葡萄糖、盐水、葡萄糖酸钙、碳酸氢钠等，纠正低血糖、代谢性酸中毒。
病毒性腹泻一般采取防继发感染的综合治疗，进行抗生素治疗，在不能确定病原微生物的种类时，根据病情及时补液补糖，控制病势，调整代谢性的酸中毒、高血钾、低血糖，防止脱水、休克。可采用一些抗病毒类药物。
消化不良性腹泻原则是健胃整肠、消炎，防止继发感染和脱水。可采用乳酶生、酵母片等做辅助治疗。