主要病变为严重的小肠、结肠炎，肠粘膜上皮坏死、脱落。肠内容物稀薄，大肠、小肠黏膜呈条状或弥售状出血，容易脱落，胃壁松弛，胃内充满乳汁和凝乳块。肠管胀满，肠壁菲薄，内充满灰黄色或灰黑色液状物，空肠、回肠绒毛缩短、变平。组织学检查可见小肠绒毛缩短，结肠的上皮细胞由正方形变成短柱形。进行免疫荧光检查，可发现肠粘膜以及肠腺的上皮细胞都有冠状病毒的荧光。肠系膜淋巴结水肿。
