牦牛寄生虫病的诊断方法包括观察临床症状、调查流行病学资料、检查粪便和剖检诊断等。首先，观察临床症状是诊断寄生虫病的基本方法。虽然多数寄生虫病只表现为消化机能障碍、消瘦、贫血等慢性症状，但这类症状的观察可为早期发现疾病提供参考。其次，调查流行病学资料，包括发病年龄、季节、发病率等，有助于确立诊断。
检查粪便是最常用的诊断方法，适用于多种寄生虫病，如吸虫、绦虫、线虫、球虫等。通过肉眼检查粪便的形状、颜色、硬度及饲料消化程度，可以初步判断寄生虫的存在。此外，使用直接涂片法、饱和盐水漂浮法、自然沉淀法或离心沉淀法等技术检查粪便中的虫卵或球虫卵囊，可以进一步确诊。对于怀疑的幼虫感染，可通过漏斗幼虫分离法进行确诊。
血液诊断是诊断寄生虫病的权威方法，能够准确诊断出寄生虫种类，包括鲜血压滴标本检查法与血液涂片染色标本检查法，适用于巴贝斯虫病、锥虫病的诊断。最后，剖检诊断通过对死亡牦牛的解剖检查，能够直观判断寄生虫的存在，为寄生虫病的诊断提供直接证据。