生猪屠宰检疫的基本程序主要分为头、蹄及体表检查，内脏检查，胴体检查，寄生虫检查，复检五个环节。
生猪屠宰检疫流程包括：
1.入场前检验（查证验物、消毒、瘦肉精抽样检测）
2.待宰检验（群体和个体检疫）
3.屠宰前检验
4.宰后检疫（头部、皮肤、内脏、寄生虫检疫，摘除三腺）
具体程序如下：
一、宰前检疫程序：
1.入场检查
2.待宰检查
3.宰前复检
二、宰后检疫程序：
1.头部检查：吻突、齿龈粘膜、咬肌、颌下淋巴结
2.蹄部检查
3.内脏检查：心脏→肺脏→肝脏→脾脏→胃肠
4.胴体检查：整体→腹股沟浅淋巴结→左右腰肌→肾脏
5.寄生虫检查：左右膈肌角（旋毛虫镜检）
6.摘除畜禽标识
7.复检
合格后加盖验讫印章，出具动物检疫合格证明，做好检疫记录。