对草鱼危害严重的主要疾病有：指环虫病、车轮虫病、肠炎、烂鳃、赤皮病、肝胆疾病、细菌性败血症、病毒性出血病以及因水质恶化引起的发病死亡。
草鱼常见病有赤皮病、烂鳃病、肠炎病，一般采取内服外泼相结合的治疗方法。外泼主要以漂白粉、二氧化氯等消毒剂为主，连用3天；内服以"三黄粉"药饵效果较好，每50公斤鱼体重用三黄粉（大黄50%、黄柏30%、黄芩20%，碾成碎粉后搅匀）0.3公斤与面粉糊混匀后拌入饲料中投喂，连用3-5天。
