因为鸡粪含有较多的氨，不但很臭，而且对家畜的胃肠道有较大刺激；鸡粪还常含有对家畜有害的寄生虫卵和致病菌，所以鸡粪在喂养家畜前必须进行消毒除臭。方法有四个：
1.将新鲜鸡粪平铺在阳光下曝晒，使臭气挥发，并用紫外线杀死寄生虫卵和病菌；
2.将新鲜鸡粪放在大铁锅中翻炒，去臭，并高温消毒；
3.将新鲜鸡粪晒成半干后拌入粮食饲料（也可直接拌入），再加入饲料酵母，放入池、窖、缸内或大尼龙袋中密封发酵，做成发酵饲料后投喂；
4.对大量鸡粪采用机械设备烘烤，以及鸡粪发酵机发酵、加工。晒（炒）后的干鸡粪可拌入粮食饲料投喂。
需要注意的是：将鸡粪(占50%左右)与一定比例的玉米粉、豆饼、菜籽饼和麸皮混合搅拌后，加入一定量的粪便分解发酵剂，把水分调至60%左右。