水库施肥能促进浮游植物生长，为鲢、鳙鱼提供充足饵料。与农作物施肥相似，氮、磷、钾必须适当搭配。氮肥以尿素、硫化铵、硝酸铵和碳铵为主，其中尿素含氮最高，而碳铵最便宜，且见效快、利用率高，效果很好。
水库养殖应以施化肥为主，其见效快、成本低，投入产出比约为1:2。养殖前期，由于水体含钾量较多，可只施氨、磷肥。尿素和过磷酸钙的施用比例为1:2。若施用碳铵，则与其过磷酸钙的比例应为2:1。养殖中后期应施一定比例的钾肥，碳铵、过磷酸钙和氯化钾的百分比为70:22:8。
施肥时应注意：必须先施磷肥、后施氨肥，次序不能颠倒或同时进行；不能施用颗粒或粉状原肥，应将其溶化稀释后，选择光照条件好的水面均匀喷洒。气候正常时溢洪道进口不宜施肥，暴雨溢洪时停止施肥。
施肥时间、数量与水温关系密切。6-9月应每隔7-10天施化肥一次，选择晴天上午的8-10时；6月前及9月下旬至10月应每隔10-15天施一次。每次施肥量以3-3.5kg为宜，保持透明度40cm以上。阴雨天不宜施用。