1.所有微生物制剂都应避免与消毒杀菌剂混合使用。
2.水体使用消毒后须经3天后方可使用。池塘消毒后氨氮会明显升高，异氧性细菌如气单胞菌也会首先大量繁殖，因此，消毒后二天必须使用一次EM菌原粉100克/亩加光合细菌原粉100克/亩，以降低水中的氨氮。
3.用生物肥水素时应结合光合细菌使用，效果更加明显。
4.高效复合芽孢杆菌原粉所含主要菌为好气性细菌，使用时需同时开动增氧机。
5.高效复合硝化细菌原粉应用时需提前投放。应用本微生物制剂需在头天晚上用一次过碳酸钠片状增氧剂。
6.EM菌是一种复合的微生物群落，池塘泼洒EM菌，最好与高效复合芽孢杆菌原粉、光合细菌原粉等其中任何一种混合使用。
7.养殖过程当中第一次可按说明书用量适当提高30-50%即可，以后每10天左右使用一次，可保持水质稳定。
8.如果池塘中只有氨氮含量高，亚硝酸盐含量较低的情况下，每亩用EM菌粉100克加光合细菌原粉100克或高效复合芽孢杆菌原粉50克。
9.如果池塘中氨氮、亚硝酸盐含量都高的情况下，每亩用高效复合硝化细菌原粉100克和EM菌粉100克拌池塘水泼洒，2天后亚硝酸盐就开始降低。
10.如果池塘中亚硝酸盐含量高，氨氮含量较低的情况下，每亩用高效复合硝化细菌原粉100克拌池塘水泼洒即可。