青苔大量繁殖覆盖池底会影响小龙虾生长和成活率。刚放养的虾苗易被青苔缠住，影响觅食；青苔衰老时会浮在水面遮挡阳光，降低水温和光合作用；大量生长的青苔还会消耗矿物质和碳源，与水草、浮游植物争夺养分和阳光，破坏池塘生态系统平衡。
青苔附着在小龙虾体表会导致纤毛虫病害，附着在水草上会阻碍气体交换，产生有毒物质使水草死亡。高温季节青苔死亡还会消耗水中溶解氧，造成缺氧，严重时产生毒素导致小龙虾跑塘或死亡。
