养鱼先养水，好水的标准是肥活嫩爽。若透明度小于20cm说明水质太肥需要换水。真正的好水颜色为黄绿色，里面有益藻类居多；而发黑发臭发粘的水因大分子蛋白质较多，不能被直接利用。
EM菌能将大分子分解为小肽等小分子被浮游植物吸收，使用后4天浮游植物量可增加到原来的4倍。但水质过肥会老化，这时芽孢杆菌能阻止有机物分解，使分解作用减慢。施用EM菌后水会变成黄绿色，20天左右换水一次即可，尤其适合无换水条件的池塘。
太瘦的水浮游植物少易缺氧浮头，太肥的水呼吸作用强天气突变易泛塘。EM菌原种按比例加红糖，用开水杀菌后加干净水发酵3小时以上，PH降到5以下即可使用。制成品每瓶5L用半斤发黑红糖处理，发酵3小时后晴天施用效果较好，阴天施用会加大耗氧。
