加州鲈鱼产业规模做大之后，随之而来的病害问题也越来越受到重视。加州鲈鱼主要是两类病害，一是虫害，二是细菌性疾病。
在鱼苗期，容易发生车轮虫、杯体虫，大鱼期间斜管虫（季节性出现）、车轮虫、孢子虫虫害。细菌性疾病则主要是出血病、肠炎病、烂身病和烂鳃病。
其中烂身病在每年的12月份至翌年的4月份较为常见，危害对象以成鱼为主，全塘鱼发病率高达80%。而烂鳃病终年都有发生，20℃以上时开始流行，流行最适水温为28～35℃。
近年新出现烂尾病和疑似诺卡氏菌病。烂尾病主要是病毒感染引起，死亡率高达40%以上。疑似诺卡氏菌病流行季节较长，从5月至11月均有发生，发病高峰在6～9月。最近两年烂身病和孢子虫害常常并发，比较难治疗。
在养殖过程中建议做好鱼病综合防治工作：
1、鱼种放养前进行药浴：
（1）用3%~5%食盐水浸浴15分钟
（2）用15～20毫克/升的高锰酸钾浸浴15分钟
2、定期泼洒药物：
用0.7毫克/升硫酸铜和硫酸亚铁合剂杀虫，然后用二氧化氯消毒。每次拉网后泼洒0.2毫克/升二氧化氯。水质恶化时适当泼洒生石灰。
3、定期口服药饵：
从6月份开始每月一次，土霉素每天5～10克/50公斤鱼。经常添加水产专用维生素，可提高抗病力。
在加州鲈鱼的健康养殖方面，顺德区乐从镇的养殖户积累了丰富经验：
1、种苗关：购买自然繁殖的种苗，选择不同地方亲鱼交配的种苗。
2、饲料关：高温季节在冰鲜鱼中添加多维素。
3、水质关：定期清塘、毒塘，定期杀虫。低温季节每月杀一次虫，高温季节每月杀两次虫。
这些经验值得借鉴，从环境、饲料、种苗等方面做好病害防治工作。