俗话说的好“是药都有三分毒”，观赏鱼药物也是一样，如果用药不慎，就可能发生药物的不良反应，常见的药物不良作用有副作用和毒性反应两种。
副作用是指观赏鱼药在常用剂量时，伴随治疗作用而同时出现的一些与治疗目的无关的作用。每种药都有副作用，但一般比较轻微。副作用和治疗作用又可随着用药目的的不同而互相转化，例如常用的抗生素、磺胺药物引起的细菌耐药性和组织残留等。
毒性反应也叫毒副作用，如敌百虫和漂白粉的毒副作用较小，而硫酸铜和硝酸亚汞等药物的毒副作用较强。在正常情况下，按标示剂量正确使用时，观赏鱼药都是安全的。但若用药量过大、时间过长、个体敏感性高或水体条件不利，就可能产生超过观赏鱼类耐受力的严重损害，甚至造成死亡。如漂白粉、强氯精、高锰酸钾因遇阳光产生毒性反应，应在下午或阴天施用。