通常情况下水位应保持一定水平，当水质状况如水色、理化指标发生较大变化时，可采取换水或使用化学药剂的方式调节水体pH、氨氮、硫化物、溶解氧、透明度和重金属等。
通过水色观察和计数，可粗略判断单胞藻的种类和数量是否适合。水不够肥时，可在养殖池中加入适量肥料以促进单胞藻的生长。
养殖前期应逐渐向池塘加水，中后期视水质情况适当换水。可通过换水调节水温，防止大排大灌。
可使用石灰调节水体PH，使用沸石灰吸附有害物质，使用有益微生物改良水质，使用增氧机增加水体溶氧量。阴天及雨前雨后，及时开动增氧机，防止生物因缺氧而发生的浮头现象。在养成期，确保水质符合安全生产水质条件。