秋季雨水增多，水温适宜，水质稳定，是鱼体生长最快的阶段。但秋季又是鱼病高发季节，因此黄鳝养殖户必须注意秋季黄鳝病害的防治。黄鳝的病害较多，其中最常见、危害严重的有肤霉病、腐皮病、寄生虫和肠炎等。
肤霉病
此病多由于饲养密度过大和饲料不足，导致黄鳝互相残杀而致伤，感染霉菌而引起的。病鳝烦躁不安，体表长有白色棉霉状菌丝状物，很少摄食，体质瘦弱，最后清瘦大量死亡。防治方法：每立方米可用2克甲基蓝全池泼洒。每天1次，连续3天。
腐皮病
病鳝常将头部伸出水面，体表出现大小不一的充血红斑，严重时表皮腐烂。防治方法：每立方米可用有效氯30%的漂白粉1克全池泼洒，每天1次，连续3天；亦可全池泼洒红霉素水溶液，按照每立方米20万单位，每隔1天泼洒1次，连续3天见效。
寄生虫病
主要是毛细线虫侵入鳝体肠道而引起的。病鳝体质瘦弱，食量锐减。防治方法：可用90%晶体敌百虫5克，拌豆饼3公斤做成药饵内服杀虫。
肠炎
黄鳝吃了腐败变质的食物导致消化道感染所致。病鳝表现为反应迟钝，食欲减退或不摄食，腹部出现红斑，肛门红肿。防治方法：用磺胺咪5克，加抗坏血酸盐0.5克，拌料投喂，连喂3天。