甲鱼养殖从粗放性放养发展至现今的集约化养殖模式，使鳖的生产速度增快，产量更高，但同时也使甲鱼的病害越来越严重，这是阻碍甲鱼养殖业发展的最大问题。因此，在甲鱼的养殖过程中，首要是要做好病害的防治与监控工作。
从病害预防的角度来讲，应该根据甲鱼的不同生长阶段、不同的生长季节以及养殖过程中特定的管理方案采取更具针对性的预防措施。
首先，根据甲鱼的不同生长阶段，总结并分析甲鱼在各个阶段的易爆发疾病及其特点，进行有针对性的预防。在稚鳖阶段，甲鱼易得的病害主要是白点病、白斑病、毛菌病、纤毛虫、腐皮病、爱德华氏菌病等；在幼、成鳖阶段，甲鱼易得的病害主要是疥疮、穿孔病、脱肛、肝坏死等。必须清楚这些病害的发病原因及其特点，例如白点病，就是由于幼小甲鱼对温度差的敏感性较强，如果温度差过大，引起甲鱼内分泌失调从而引发疾病，因此在甲鱼前期养殖时应保持恒定的池塘水温。
其次，在不同的季节，因为气温和水温的影响，会促进一些特定病原菌的滋生。如初夏季节易得水霉病、肠炎等疾病，此时应注意对水质和饲料量的控制，适当添加一些增强体质及肠道功能的药物。
在养殖过程的不开管理方案和措施，要结合病害防治的要求。例如在投苗前的清塘环节，要对池塘进行暴晒，彻底消毒；空池进行石灰消毒时，应该做到操作规范、泼洒均匀、全面涉及；种苗在入池前也要做好消毒工作。
病害监控可以细分为水质状态监控、甲鱼日常活动监控、甲鱼日常摄食监控、甲鱼体表状态监控。水质监控主要是对水体中各种理化因子的监控，包括PH值、溶解氧、氨氮、亚硝酸、硫化氢、透明度、水温等。每天定时巡塘，观察甲鱼的活动是否敏捷，有无活动异常的个体及其数量。根据不同的投料方式确定其正常摄食时间，甲鱼吃料结束及时巡塘看料。利用喂料及巡塘的时机，仔细观察甲鱼体表是否存在异常。
总之，对甲鱼的病害防治与监控，多想多看多观察，是成功的关键。应该保持积极的心态，正确运用病害预防及监控的方法，以期获得良好的养殖成果。