我国鱼病用药存在的主要问题包括：
1.渔药药理学等基础理论滞后，渔药使用存在盲目性。我国对渔药药动学的研究起步晚，研究药物种类少，水产动物种类有限，病理模式下的药动学规律不清，影响药动学和药效学的因素研究欠缺，导致渔药使用存在盲目性。
2.有效安全的渔药及其剂型匮乏，制剂的工艺水平低。渔药企业忽视基础研究，科技含量低，部分渔药对人体和环境危害大。渔药主要来源于农药、人药或兽药，尚未形成水产养殖专用渔药系列，禁用渔药替代品研究滞后。
3.渔药市场无序竞争较为严重。2005年渔药生产企业GMP认证和“地标”升“国标”工作促进了企业整合，但也导致市场混乱，产品良莠不齐，渔药合格率无法保证。
4.乱用、滥用渔药现象严重，威胁水产品安全。养殖技术水平低，渔民盲目用药，不遵守休药期，使用剂量、途径、部位等方面不符合规定，不做用药记录，上市前使用渔药，乱用药、乱投药，渔药残留问题突出。
5.渔药滥用导致病原体耐药性增加。常用药物治疗鱼病，但养殖生产中过量用药使病原体耐药性问题日趋严重。
6.渔药给予方法负面影响缺乏有效解决途径。泼洒法对水产动物应激大，对环境不利；浸浴和注射应用局限性大；泼洒抗生素、农药等化学物质威胁水域环境安全。
7.缺少渔药评价方法和平台。药效评价体系片面，抗生素药效影响因素研究少，免疫刺激剂评价标准和检测手段落后，中草药药效评价受局限，许多渔药缺乏严格毒理学数据，无法进行正确安全性评价。