硫酸铜在水产养殖中主要有三个作用，一是能防治原生动物和甲壳动物引起的鱼病，二是可以和生石灰水混合作杀菌剂使用，能杀灭池塘内的原虫，三是能防治卵甲藻和微囊藻引起的鱼类中毒现象。
硫酸铜能在水产养殖上用。因为硫酸铜在水产养殖中是把铜离子能与蛋白质中的巯基结合，干扰巯基酶的活性而达到对病原生物的致死作用，具有很强的消毒作用。
硫酸铜在水产养殖中用于防病杀虫，但是硫酸铜不可以使用60度以上热水溶解使用，以免失去功效；硫酸铜的使用最后不要连续使用，里面的铜离子会有有很大的副作用。养殖还要注意有一些疾病是不能使用硫酸铜治疗的，常见如小瓜虫病，不但没有任何效果，还会小瓜虫还会形成胞囊而大量繁殖。