稻田放养的鲫鱼，个体小，易遭敌害，因此，防除敌害十分重要。
水蜈蚣：主要吞食鱼种，应在鱼种投放前一个月，667平方米施茶枯60千克，能杀死水蜈蚣。若放养期间发现水蜈蚣，可将鲫鱼和水蜈蚣一起捞入网箱，洒适量煤油，使水蜈蚣触及煤油后窒息死亡。
虎纹蛙：吞食鲫鱼和鱼饲料，应在投放鱼苗前半个月，667平方米施石灰20千克，能杀灭全部虎纹蛙蝌蚪，过3-5天，再用每5千克鲜猪血加100克40%乐果乳剂、2千克面粉制成颗粒状，撒入稻田毒杀虎纹蛙2次，效果极佳。
水蛇：吞食鲫鱼，可用捕蛇器、竹笼诱捕，或在闷热的晚间趁水蛇在浅水处乘凉、采食时进行人工捕杀。
田鳖：吞食鲫鱼，每100立方米的稻田水用晶体敌百虫50-60克，药溶于适量水后全田泼洒，防除效果理想。
蚂蟥：吸附在鲫鱼的体表，破皮吸血。把孔隙内凝结有猪血的丝瓜络于傍晚放置在田沟，667平方米放8-10个，第二天早上收集丝瓜络，杀灭其中蚂蟥。
湖靛：属蓝藻，鲫鱼误食后不能消化，藻死亡后会分解产生有毒物质使鱼死亡。每1000立方米水加入500克硫酸铜可杀灭湖靛。