在河蟹养殖过程中，病害防治要始终坚持"预防为主，防治结合、防重于治"的原则。重在预防，重点要抓好关键季节、关键生长阶段的病害防治工作。
1、干塘后清整消毒。一般在当年12月至翌年元月份这个阶段进行。池塘淤泥较深的塘口，首先要进行清理淤泥及修整环沟；其次药物消毒，首选药物生石灰与漂白粉，最好是池塘加满水后全塘泼洒，用量：生石灰掌握在100-150公斤亩，漂白粉20-50公斤亩，同时生石灰能起到改善池塘土壤理化性状与增加水体钙质的作用。
2、养殖过程中把握好几次杀虫消毒的时机。第一、二、三次河蟹脱壳后，应进行杀虫、消毒，间隔时间大体上是一个月左右一次，对池塘进行一次杀纤毛虫病、鳃病、烂肢腐壳病等病害。
3、6月底开始一般要进入梅雨季节，梅雨季节的防病工作对河蟹来说至关重要，应对池塘水体连续1-2次消毒，5-6月份在饵料中拌服2-3个疗程的防病内服药，如预防肠炎、抖抖病之类的有效药物。进入高温季节，防病工作重点在维护好池塘良好的生态环境。
4、不失时机地进行肥水培藻和应用微生态制剂。前期应利用晴好天气及时肥藻培水，在河蟹大量脱壳前期水体泼洒含钙、维生素之类的抗应激产品，进入高温季节前，病害防治措施要到位。定期使用微生态制剂，使水体内有益菌形成优势种群。
5、在药物使用上严禁使用国家规定的禁用药物，同时要考虑水产品的休药期，在养殖后期尽量不适用药物，确保河蟹质量安全。