雏鸡传染性鼻炎的病理变化主要发生在上呼吸道黏膜。病毒感染后，病原体在鼻腔和咽喉部位繁殖并迅速扩散，导致上呼吸道黏膜的炎症和损伤。这种炎症表现为黏膜水肿、充血和出血，同时上呼吸道黏膜上的纤毛受到破坏，影响黏膜自净能力。
雏鸡传染性鼻炎还会引起黏膜细胞的变性和坏死。病毒感染导致细胞内代谢紊乱和细胞结构改变，包括细胞质肿胀、核膜溶解和细胞溶解等。在严重的病例中，黏膜上皮层的细胞完全坏死，形成溃疡和糜烂。
此外，雏鸡传染性鼻炎会引起黏膜内炎性细胞浸润。炎症反应导致大量白细胞和其他炎性细胞聚集在黏膜组织中，其中主要是中性粒细胞和淋巴细胞。这些炎性细胞的浸润会加剧炎症反应，并释放炎性介质，加重临床症状。