牛口蹄疫的病变主要集中在口蹄部，包括嘴唇、舌头、齿龈以及蹄部。嘴唇和舌头通常会出现溃疡，溃疡表面常伴有灰黄色的坏死组织。齿龈也可能发生溃疡，导致食欲不振和咀嚼困难。牛蹄的病变主要表现为蹄间溃疡和蹄裂，溃疡通常位于蹄的间隙中，可能伴有溃疡的瘀斑、出血和坏死组织。
解剖时可观察到淋巴组织的病变，淋巴结会肿大发炎，严重时可能出现坏死和溃疡。肺部常见出血、水肿和坏死，心脏可能出现心肌炎和心脏壁坏死，肝脏和脾脏也会出现充血和坏死。
