治疗犊牛水样腹泻的关键是保持良好的消化道功能。在犊牛水样腹泻的早期，最好停止喂食，给予充分休息。之后逐渐引入易消化的饮食，如消化元素丰富的乳制品，并添加益生菌帮助恢复肠道菌群平衡。
环境卫生也是重要因素。犊牛舍应保持干燥、卫生，定期清洁床铺和饮水设备，确保通风良好，减少病原微生物传播。
对于严重病例可考虑药物干预。抗菌药物需严格按兽医指导使用，止泻药能缓解症状但需谨慎使用。
