致病原不同是这两种腹泻的显著区别。犊牛细菌性腹泻主要由细菌引起，常见的病原菌包括大肠杆菌、沙门菌等。而病毒性腹泻则由病毒感染引起，如轮状病毒、诺如病毒等。这两种腹泻的病原体不同，导致了它们在传染途径、流行病学特点和防控措施等方面的差异。
传播途径也是这两种腹泻的重要区别之一。犊牛细菌性腹泻通常通过摄入受污染的食物或水源而传播，尤其是在不洁卫生条件下，容易发生集体感染。而病毒性腹泻主要通过飞沫传播，特别是在密闭的环境中，如托儿所、幼儿园等场所，容易发生爆发性感染。
此外，犊牛细菌性腹泻和病毒性腹泻在临床症状上也有所不同。犊牛细菌性腹泻的典型症状包括腹痛、腹泻、发热、呕吐等，严重时还会出现血便。而病毒性腹泻的症状主要表现为腹泻、呕吐、腹痛轻微或没有，通常伴有发热。犊牛细菌性腹泻的症状较为明显，而病毒性腹泻的症状较轻。
治疗方法也有所不同。对于犊牛细菌性腹泻，常规治疗包括补液、抗生素治疗和对症治疗等。而病毒性腹泻目前没有特效药物可用，主要采取补液、抗病毒治疗和对症治疗等措施，以缓解症状和预防并发症。