奶牛的免疫系统包括两个部分，即自然免疫和获得性免疫。自然免疫是指奶牛生来就具备的抗病能力，如皮肤和黏膜屏障、肠道微生物群、炎症和发热反应等。获得性免疫是指奶牛通过接种疫苗或者感染病原体后产生的免疫力。
保护奶牛的免疫系统需要采取以下措施：
1. 保持环境卫生。清洁卫生的饲养环境可以减少病原体的数量，减轻奶牛的压力，有利于免疫系统的正常工作。
2. 提供营养均衡的饲料。营养不良会影响奶牛的免疫系统，增加其患病的风险。因此，要为奶牛提供高质量的饲料，保证其营养供应。
3. 定期接种疫苗。疫苗是预防疾病的有效手段，接种疫苗可以增加奶牛的免疫力，减少疾病的发生。
4. 适当使用抗生素。在必要时，使用抗生素可以有效地治疗奶牛的疾病，但是滥用抗生素会导致耐药性的增加，降低奶牛的免疫力。