牛舍结构是双排牛舍和单排牛舍最明显的区别之一。双排牛舍是指在一个建筑物内设置有两排牛棚，每一排都有固定的饲养空间和通风设施。而单排牛舍则只有一排牛棚。双排牛舍通常比单排牛舍更宽敞，这意味着每头奶牛都有更多的活动空间。此外，双排牛舍的通风设施也相对更好，可以更好地控制室内温度和湿度，提供更舒适的生活环境。
牛只管理也是双排牛舍和单排牛舍之间的一个重要区别。双排牛舍由于空间较大，可以容纳更多的牛只。这使得牧场主可以扩大养殖规模，提高产能。另外，双排牛舍通常采用分区管理，可以更好地对牛只进行分类，如分妊娠期、产后期和泌乳期等。相比之下，单排牛舍的管理相对简单，适合小规模养殖。
生产效益也是双排牛舍和单排牛舍的另一个重要区别。双排牛舍由于规模较大，经济效益通常更高。它可以更好地利用土地资源，提高产量和产值。双排牛舍的投资成本可能较高，但由于养殖规模较大，可以更好地分摊固定成本，提高经济效益。相比之下，单排牛舍适合小规模养殖，对土地和劳动力的需求较低，但相应的经济效益也较低。