非常简单，在挑选育苗盆时，就要选用穴盘深一点的，具有足够空间的类型。可在育苗盆中添加蛭石，在培养种球类型的植物时，种球上方的部位不可入水。
水培育苗盆内的穴盘如果很小，那么对于育苗环境内的湿度、养分、氧气、酸碱度等变化就特别敏感。要使用穴坑稍微深一点的育苗盆，这样的育苗盆在进行水培育苗的过程中比较实用，而且操作起来更为安全方便。
一般会在水培育苗盘上铺上经过2天暴晒过后的蛭石，将蛭石压平后作为底部基质，搭建成一个类似5~10毫米的坑穴环境，再将苗株水培到其中。水培育苗盆常用于水培水仙花等有种球的植物品种，种球可以没入水中，但种球上方的茎枝要暴露在空气中。