大蒜锈病可使用97％敌锈钠300倍液喷雾1至2次，或选用15％三唑酮可湿性粉剂1500倍液、20％三唑酮乳油2000倍液、70％代森锰锌可湿性粉剂1000倍液、50%萎锈灵可湿性粉剂1000倍液、15%粉锈宁可湿性粉剂1000倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、25％敌力脱乳油3000倍液等药物进行防治。此外，腈菌唑、苯醚甲环唑、嘧菌酯、苯甲·嘧菌酯、氟环唑·嘧菌酯等＋青皮桔油也是有效的选择。根据锈病严重程度及抗性选择药剂，若一次防治效果不佳，可间隔10天再次喷雾。发病初期可选用50%的粉绣宁（600-800倍液）或50%硫磺悬浮剂300倍液喷雾。交替用药，5~7天喷1次，连续防治2~3次。