大蒜菌核病主要为害大蒜假茎基部和鳞茎。发病初期，病部呈水渍状，出现圆形小点，后发展为不规则状，导致假茎变为黄褐色腐烂或倒折。在干燥条件下，病部发白易破碎，蒜瓣露出，可见薄片状黑褐色菌核8～23个或更多，导致鳞茎萎缩，影响产量和质量。潮湿时，病部表皮下散生褐色或黑色小菌核，腐烂部位发出强烈的蒜臭味。大蒜叶鞘腐烂后，上部叶片表现萎蔫，并逐渐黄化枯死，蒜根须、根盘腐烂，蒜头散瓣。该病的菌核随病残体遗落在土壤中越夏过冬，菌丝和菌核均能随流水、土杂肥和附着在农具、人畜脚上而传播扩散。在黄淮地区，菌核病一般3月上旬开始发生，盛期在3月下旬至4月上旬。低温高湿，土质黏重，透水性差，发病较重。