灰霉病主要危害辣椒幼苗及成株期，在防治中，应调控好温度和湿度，保持好通风。发病后及时将病枝、病果摘除，并喷施咪鲜胺乳油或异菌脲可湿性粉剂，隔7至10天一次，连续防治2至3次。预防灰霉病，注意通风去湿，叶喷凯泽或腐霉利或异菌脲防治。
保护地辣椒要加强通风管理，上午尽量保持较高的温度，使棚顶露水雾化；下午适当延长放风时间，加大放风量，以降低棚内湿度；夜间要适当提高棚温，减少或避免叶面结露。发病初期适当节制浇水，严防浇水过量，正常灌溉改在上午进行减低夜间棚内湿度或结露。发病后及时摘除病果、病叶和侧枝，装入袋中集中烧毁或深埋。种植密度不宜过大，每亩3000~3100株，适当抑制该病扩展。
药剂防治：发病初期开始喷施腐霉利、嘧霉胺、异菌脲、克速清（啶酰·咯菌腈）、凯韵（吡唑·啶酰菌胺）等药剂。视病情隔7-10天施药1次，连续防治3-4次。施药适宜时间为下午4-5点。灰霉病发生严重时，可采用先熏棚，次日再喷雾的方法。植株弱时增加喷施叶面肥。
选用抗病品种、合理轮作、种子处理苗床消毒、适时移栽、合理密植、加强肥水管理、大棚及时通风降低湿度、用药预防等。加强大棚、温室通风。浇水要在晴天上午进行，并控制水量，不可过大。雨后及时排除积水，棚内合理通风降温；及时清理病果，带出大棚、温室外深埋。收获后，彻底处理病株等，进行深翻，将遗留的病叶、病枝等翻入深层。进行地膜覆盖栽培可减轻灰霉病的发生。
棚室可选用10%腐霉利烟雾剂，每亩每次250~300可熏烟，隔7天1次，连续或交替熏2~3次。也可喷撒5%百菌清粉尘剂或6.5%甲硫·霉威粉尘剂，每亩每次1公斤，隔9天1次，连续或交替防3~4次。控制设施湿度，加大通风，清洁田园，合理肥水管理，及早预防该病害。一般从品种，轮作及预防上防治，发病后用化学药剂。