常见的胡萝卜病害主要有黑腐病、菌核病、软腐病。黑腐病为真菌病，主要为害肉质根，形成不规则形或圆形、稍凹陷的病斑，其上生黑色霉状物，后期肉质根变黑腐烂。宜在贮前剔除病伤的肉质根，并在阳光下晒后贮藏，采收和装运过程中避免破损。菌核病主要为害肉质根，被害部分软化腐烂，表面生白色棉絮状菌丝体和黑色鼠粪状菌核。软腐病为害肉质根，被害部分软化腐烂，汁液外溢，有恶臭。虫害主要有胡萝卜微管蚜和茴香凤蝶等。
