病原菌为真菌。病菌从卵孢子附着于病残体或种子或在土壤中越冬，翌年春天萌发，从植株的气孔侵入。湿度大时，病斑上产生孢子囊。孢子囊成熟后借气流、风雨、昆虫等传播，进行再侵染。空气相对湿度95%以上，气温15℃左右为流行季节，一年主要有两次发病高峰，以9月一10月发病重。低温多雨和重雾天气病害加重。地势低洼，排水不良，过分密植、重茬地、植株生长不良及大水漫灌时发病也较重。
大葱霜霉病的病菌喜潮湿环境，连作，排水不好，地势低洼，通风不良皆是发病因素。
田间病残体中的病菌卵孢子和鳞茎中的潜伏菌丝体为主要初侵染菌源。卵孢子在土壤内病残体中可存活数年。葱类种子中有菌丝体潜伏，种子表面也可粘附卵孢子，但带菌种子能否传病尚未有定论。越夏或越冬的卵孢子以及鳞茎传带的菌丝体都能侵染幼苗，形成系统侵染病株。