大葱锈病应采用低残留的杀菌剂防治等。发病初期可喷洒15%三可湿性粉剂1000倍液，或50%萎锈灵乳油800倍液，或70%新万生可湿性粉剂600倍液，或25%敌力脱乳油3000倍液，隔5～7天喷1次，连喷2-3次。此外，还可以使用氟硅唑、粉锈宁、多菌灵等药剂进行防治。对于其他病害，如50%腐霉利（速克灵）可湿性粉剂2000倍液、45%特克多（噻菌灵）悬浮剂3000倍液、50%扑海因（异菌脲）可湿性粉剂1500倍液等也可用于防治。
