大葱锈病应采用低残留的杀菌剂防治等。大葱锈病用苯醚甲环唑，已唑醇，戊唑醇，粉锈宁防治效果好。
大葱锈病防治的药剂有：25%丙环唑乳油、75%戊唑.嘧菌酯水分散粒剂，等药剂按照农药标签要求进行防治。
发病初期喷洒15%三可湿性粉剂l000倍，或50%萎锈灵乳油800倍，或70%新万生可湿性粉剂600倍，或25%敌力脱乳油3000倍液，隔5～7天喷1次，连喷2-3次。
大葱锈病防治农药有氟硅唑，粉锈宁，多菌灵等。
发病初期开始喷洒50%腐霉利（速克灵）可湿性粉剂2000倍液、45%特克多（噻菌灵）悬浮剂3000倍液、50%扑海因（异菌脲）可湿性粉剂1500倍液。